Почему на стволе яблони белый налёт? Почему темнеют листья?

Легкая белесая пушистость на молодых побегах яблони - это норма. Конечно, если этот налет равномерный, без ярко выделяющихся пятен.
Мне кажется, вы задушили ее уходом. Оставьте в покое и будет всем счастье.

ffilin2014 пишет:

листья и ствол покрываются белым "пушистым" налётом.

Это мучнистая роса - грибковое заболевание. Чтобы было понятно - в листьях и стволе живут микроскопические грибы-паразиты. Причин заражения много, но в основном - это связано с неблагоприятными условиями выращивания. На твоём растении причина как нельзя лучше, видна - это горшок в котором растёт сеянец, вернее, мучается.

Чем помочь растению?

...ничем, грибок уже внутри тела растения (старые очаги грибниц - как раз и есть коричневые пятна на листьях. А так как тургора на листьях нет, значит корни не функционируют.

Что можно сделать... для успокоения совести, вытряхнуть сеянец из горшка, посмотреть в каком состоянии корни и если они там ещё живые - высадить в открытый грунт или хотя бы в большое ведро, поставить в холод (5-10 град) под хорошее освещение.
ХОМ в этом заболевании не помощник, а вот Раёк - да.
Посмотри в интернете какими препаратами пользоваться от мучнистой росы и действуй согласно наличию данного препарата и периодичности обработки. Всегда привожу пример на человеке - если человек заболел, то одним уколом не вылечить...нужен курс лечения. Так и с растениями, чтобы вылечить нужна система и периодичность.

От меня совет.
1) Если мечтаешь из этого сеянца получить полноценное дерево с понравившимися плодами, то эту затею брось. В лучшем случае вырастет яблоня дичка с мелкими кислыми плодами.
2) Если из этого сеянца хочешь вырастить экибану, тогда другое дело, но в этом случае нужны специальные подкормки и, как минимум, знания по обрезки не только ветвей, но и корней.