Что делать с переувлажнением саженцев плодовых деревьев.

такое количество воды уходило как в прорву.

значит дренаж хороший, излишки воды уйдут в нижние слои почвы. Но...теперь самое главное, при таком потоке, обязательно нужно проверить корневую шейку и место прививки, чтобы их не утянуло ниже почвы. Конечно, если саженцы зафиксированы на палке (на распорке), то деревце не опустится...но тогда вероятность оголения корней может быть...просто нужно будет досыпать земли.
Железный купорос успел подействовать. Если обработка по листу, то химический ожог листьям обеспечен. А со стволов и веточек ещё надо постараться смыть раствор.

"мы посади сад из разных плодовых деревьев, но возраст саженцев деревьев на момент посадки был два года." - вы так это написали, как будто это плохо. Возраст саженцев (в зависимости от вида, сорта и степени доращивания) и должен быть 1, 2 или 3-5 лет (если мы говорим о непереросших саженцах и не "особых" культурах с ЗКС).
Если вода при поливе быстро уходит - значит, и при дождях также уходить будет, пусть не так сильно быстро. В этом случае корни вымокнуть не должны. Они же в почве находятся, а не в воде. Значит, у вас почва лёгкая и нет или же очень мало глины чуть ниже плодородного слоя. Вообще, обильный влагозарядный полив осенью - всегда хорошо. Особенно если до этого месяцами сушь стояла, жара..